Em Novembro de 1898 um pequeno grupo de médicos de Lisboa, de "ânimo confiado e teimoso" julgou útil fundar uma associação de classe dos médicos de Portugal, com o fim de defender os associados "da província e da capital". Passou a designar-se Associação dos Médicos Portugueses, com sede em Lisboa, sendo a primeira do género.
Na sequência de uma história rica em acontecimentos a Associação dos Médicos Portugueses dará lugar à Ordem dos Médicos (O.M.), instituição criada pelo Decreto-Lei n.º 29 171 de 24 de Novembro de 1938, e que abrangia fundamentalmente os médicos que exerciam a medicina como profissão liberal.
Nos seus primeiros estatutos ficou mencionado que a Ordem dos Médicos tinha por fim o estudo e defesa dos interesses profissionais. No capítulo dos direitos e deveres informava-se que era vedado o exercício da medicina a quem não estivesse inscrito nesta instituição.
Em 1956 este decreto foi revogado e substituído pelo o Decreto-Lei nº 40.651 de 21 de Junho deste ano. Este novo Estatuto, integrado na ordem política então vigente, ainda que respeitando integralmente a defesa da deontologia e da excelência da técnica pelo órgão associativo dos médicos, a quem conferia também acção disciplinar, não fora, no entanto, aprovado pelos médicos, mas resultara tão somente de decisão governamental, no uso dos poderes que a Constituição de 1933 permitia. Este estatuto teve como factor gerador a necessidade de separar a acção disciplinar da acção directiva ou administrativa e a necessidade de dar a um conjunto de importantes princípios de carácter deontológico adequada expressão jurídica, bem assim como a adequação à evolução social da época.
Posteriormente foram introduzidas alterações pelos Decretos-Lei nº 48.587 de 23 de Setembro de 1968, nº 48.879 de 22 de Fevereiro de 1969 e nº 333/70 de 14 de Julho.
Com as transformações políticas e sociais surgidas após 1974, foi necessário readequar o Estatuto da Ordem dos Médicos. Foi então aprovado e promulgado o novo Estatuto da Ordem dos Médicos, pelo Decreto-Lei nº 282/77 de 5 de Julho, em cujo preâmbulo o Governo reconhece à OM a competência para actuar como entidade disciplinadora do exercício da profissão médica. Este Estatuto, além de abranger todos os médicos no exercício da sua profissão, é descentralizador e de cariz democrático. Exigindo que a Ordem dos Médicos, agora renovada, exerça a sua actividade com total independência em relação ao Estado, formações políticas ou outras organizações, o estatuto reconhece e pugna pela ideia de que a defesa dos legítimos interesses dos médicos passe em primeiro lugar pelo exercício de uma medicina humanizada que respeite o direito à saúde de todos os cidadãos, nele se consagrando ainda o princípio da criação de um Serviço Nacional de Saúde, no qual os médicos terão necessariamente papel preponderante e fundamental.A Ordem dos Médicos tem âmbito nacional, com a sua sede em Lisboa. Está organizada em três secções regionais - Norte, Centro e Sul, incluindo as Regiões Autónomas - com sede, respectivamente, no Porto, Coimbra e Lisboa.
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